jasongallant/trinity_singularity:latest

$ singularity pull shub://jasongallant/trinity_singularity:latest

Singularity Recipe

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# Basic bootstrap definition to build CentOS 7 container from Docker container
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BootStrap: docker
From: trinityrnaseq/trinityrnaseq

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# Copy any necessary files into the container
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#%files
#~/my_file /path/in/container

%post
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# Install additional login shells for users that need them
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#yum -y install tcsh ksh zsh

################################################################################
# Install additional packages
################################################################################
#yum -y install vim

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# Create directories to enable access to common HPCC mount points
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mkdir -p /mnt/home
mkdir -p /mnt/research
mkdir -p /mnt/dfs17
mkdir -p /mnt/ffs17
mkdir -p /mnt/local
mkdir -p /mnt/gs18
mkdir -p /mnt/ls15
mkdir -p /opt/software

################################################################################
# Run the user's login shell, or a user specified command
################################################################################
%runscript
SHELL="$(getent passwd $USER | awk -F: '{print $NF}')"
SHELL=${SHELL:-/bin/bash}
if [[ "$@" == "" ]]; then
  exec env -i TERM="$TERM" HOME="$HOME" $SHELL -l
else
  exec env -i TERM="$TERM" HOME="$HOME" $@
fi

Collection


View on Datalad

Metrics

key value
id /containers/jasongallant-trinity_singularity-latest
collection name jasongallant/trinity_singularity
branch master
tag latest
commit bfb8638109096f6f006def73c7b8d1a007528d62
version (container hash) 2cb388c81dc87eabb748fa148ff8809e
build date 2021-03-23T13:56:59.960Z
size (MB) 4724
size (bytes) 1867632671
SIF Download URL (please use pull with shub://)
Datalad URL View on Datalad
Singularity Recipe Singularity Recipe on Datalad
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