jasongallant/gatk_singularity:latest

$ singularity pull shub://jasongallant/gatk_singularity:latest

Singularity Recipe

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# Basic bootstrap definition to build CentOS 7 container from Docker container
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BootStrap: docker
From: broadinstitute/gatk

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# Copy any necessary files into the container
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#%files
#~/my_file /path/in/container

%post
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# Install additional login shells for users that need them
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#yum -y install tcsh ksh zsh

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# Install additional packages
################################################################################
#yum -y install vim

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# Create directories to enable access to common HPCC mount points
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mkdir -p /mnt/home
mkdir -p /mnt/research
mkdir -p /mnt/dfs17
mkdir -p /mnt/ffs17
mkdir -p /mnt/local
mkdir -p /mnt/ls15
mkdir -p /opt/software

################################################################################
# Run the user's login shell, or a user specified command
################################################################################
%runscript
SHELL="$(getent passwd $USER | awk -F: '{print $NF}')"
SHELL=${SHELL:-/bin/bash}
if [[ "$@" == "" ]]; then
  exec env -i TERM="$TERM" HOME="$HOME" $SHELL -l
else
  exec env -i TERM="$TERM" HOME="$HOME" $@
fi

Collection

• Name: jasongallant/gatk_singularity
• License: None

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