biotext/Singularity:latest

$ singularity pull shub://biotext/Singularity:latest

Singularity Recipe

BootStrap: docker
From: nvidia/cuda:9.0-cudnn7-runtime-ubuntu16.04

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%labels
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MAINTAINER Wolfgang Resch
VERSION v3

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%environment
################################################################################
export PATH=/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/bin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/local/cuda/bin:

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%post
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###
### install keras + tensorflow + other useful packages
###
apt-get update
apt-get install -y libhdf5-dev graphviz locales python3-dev python3-pip python3-tk
apt-get install -y --allow-downgrades --allow-change-held-packages libcudnn7=7.0.5.15-1+cuda9.0
locale-gen en_US.UTF-8
apt-get clean

pip3 install --upgrade pip
pip install tensorflow-gpu==1.6.0
pip install keras==2.1.5
pip install setuptools wheel Pillow scikit-learn pandas matplotlib==2.2.2 notebook ipython tqdm
pip install h5py
pip install gensim
pip install nltk
python3 -m nltk.downloader all

###
### destination for NIH HPC bind mounts
###
mkdir /gpfs /spin1 /gs3 /gs4 /gs5 /gs6 /gs7 /gs8 /gs11 /data /scratch /fdb /lscratch

Collection


View on Datalad

Metrics

key value
id /containers/biotext-Singularity-latest
collection name biotext/Singularity
branch master
tag latest
commit ee37a55044e8410fd60382becab5e7b9164affb7
version (container hash) b4e973f7ccddbf29012c7ac81326e3a7
build date 2018-09-19T22:54:38.262Z
size (MB) 6518
size (bytes) 2821693471
SIF Download URL (please use pull with shub://)
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Singularity Recipe Singularity Recipe on Datalad
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